真核轉錄組測序
技術簡介
轉錄組即特定組織或細胞在某一功能狀態(tài)下所有轉錄本的總和，包括 mRNA 和非編碼 RNA（即Non-coding RNA，如 tRNA，rRNAs，microRNAs，piRNAs 和 long ncRNAs 等）。轉錄組測序 (Transcriptome sequencing) 主要指通過高通量測序研究特定組織或細胞在某個時期轉錄出來的 mRNA，可以用來研究基因結構和基因定量分析，并預測新轉錄本，是深入研究轉錄組復雜性的強大手段和工具。目前，轉錄組測序已經(jīng)被廣泛應用于動植物發(fā)育階段的研究、優(yōu)良品種基因的篩選和疾病治療等。
技術路線
送樣建議
物種 | 濃度 (Qubit) | 體積 | 總量 | 完整性及純度 |
真菌 total RNA | ≥20 ng/μL | 15 μL-100 μL | ≥2 μg | RIN≥6.5，28S/18S≥1.0; 圖譜基線無上抬，5S 峰正常 |
其他動、植物 total RNA | ≥20 ng/μL | 15 μL-100 μL | ≥2 μg | RIN≥6.5， 28S/18S≥1.0; 圖譜基線無上抬，5S 峰正常 |
技術參數(shù)
測序策略 | 數(shù)據(jù)量 | 周期 | |
有參轉錄組測序 | HiSeq/NovaSeq PE150 | 6G clean data | 45 個自然日 |
無參轉錄組測序 | HiSeq/NovaSeq PE150 | 6G clean data | 50 個自然日 |
案例分析
研究背景
可變剪切在植物的生長發(fā)育和應激反應中起著重要作用，對應的研究也很多，但關于生長發(fā)育和應激反應兩者之間的相互作用還不是很透徹。
研究目的
通過轉錄組測序分析玉米的正常組和干旱組的種子、胚芽和胚乳等組織的可變剪切以及基因表達變化，探究植物生長發(fā)育和應激反應之間的相互作用。
研究結果
在已知基因中新發(fā)現(xiàn) 48000 個剪切形式，其中跟發(fā)育相關的可變剪切形式受到干旱脅迫的影響，且大部分發(fā)生在葉子和雌穗，而雄穗不受影響。在研究可變剪切相關基因的表達變化與對應基因的剪切事件相關性中，僅在正常組的各個發(fā)育階段的剪切因子的基因表達與剪切時間呈線性關系，但在干旱組中，此相關性比較差。這些新的發(fā)現(xiàn)再次表明了可變剪切在玉米受干旱脅迫和生長發(fā)育中的重要作用。
圖1. 可變剪切相關基因表達與可變剪切事件變化
A圖：各個組織中可變剪切相關基因的表達相關性。
B圖：各個組織中可變剪切模式相關性
參考文獻
[1]. Thatcher SR, et al. Genome-Wide Analysis of Alternative Splicing during Development and Drought Stress in Maize. Plant Physiol,(2015).
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